Universitas Riau merupakan salah satu dari 21 universitas negeri yang diamanahkan untuk mendirikan rumah sakit pendidikan yang kepemilikkannya di bawah Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan. Sejarah pendirian dimulai tahun 2009 dengan perekrutan konsultan perencana untuk membuat dokumen studi kelayakan, master plan, rencana strategi serta dokumen detail desain Rumah Sakit Pendidikan Universitas Riau. Selain itu direkrut pula Konsultan analisis mengenai dampak lingkungan (Amdal) untuk melakukan studi Amdal. Lokasi Rumah Sakit Pendidikan Universitas Riau terletak di sebelah selatan gerbang kompleks kampus PANAM bersebelahan dengan Mesjid Raya Universitas Riau. Luas yang direncanakan untuk gedung Rumah Sakit Pendidikan Universitas Riau ini adalah 138.162 m2.

Pengembangan kapasitas tempat tidur RS Pendidikan Universitas Riau didasarkan akan kebutuhan pemenuhan jumlah tempat tidur untuk masyarakat Kota Pekanbaru dan sebagian besar penduduk di wilayah Provinsi Riau. Dengan menggunakan proyeksi demand masyarakat yang didasarkan pada tren kunjungan pasien di Instalasi Rawat Jalan, Instalasi Rawat Inap dan Instalasi Penunjang medis selama 3 tahun terakhir maka pada rumah sakit di Provinsi Riau, pengembangan kapasitas tempat tidur di Instalasi Rawat Inap RS Pendidikan Universitas Riau selama 10 tahun kedepan dimulai dengan 100 tempat tidur kemudian secara bertahap dilakukan pengembangan sehingga pada tahun ke 10 menjadi 250 tempat tidur. Untuk pelayanan unggulan merujuk pada hasil kajian pelayanan unggulan dan tren perkembangan penyakit serta kemampuan RS & daya beli serta kebutuhan masyarakat maka dikembangkan pelayanan yaitu Research and Healthcare Integrated Medikine, Research and Healthcare Tropical medikine, Research and Healthcare Reproductive Medikine, Research and Healthcare Trauma medikine dan Neurocardiovasculair.

Tahun 2012, Universitas Riau memperoleh pendanaan rumah sakit untuk membangun Blok A dan selesai akhir Desember 2012. Blok A ini merupakan gedung yang terdiri dari empat lantai. Lantai dasar merupakan area pelayanan instalasi gawat darurat(IGD), ruang operasi emergensi, beberapa poli spesialis, poli umum, poli gigi, laboratorium, radiologi dan ruang persalinan. Lantai satu dan lantai dua merupakan area rawat inap yang dapat menampung 60 tempat tidur. Sedangkan lantai empat adalah area kantor dan auditorium untuk seminar dan pendidikan. Nantinya, gedung blok A ini akan terhubung dengan gedung Blok B,C,D,E,F dan G.
Pada awal tahun 2013, terbitlah Surat Keputusan Rektor tentang pengangkatan direktur di Rumah Sakit Universitas Riau yaitu dr.Zulharman,M.Med.Ed, sehingga mulai saat itu dimulailah kegiatan-kegiatan intensif dan terpadu untuk mempersiapkan Rumah Sakit Universitas Riau dibuka dengan dilakukannya pemindahan pelayanan Klinik Universitas Riau dari gedung lama ke gedung blok A RS UR. Dengan menggunakan izin klinik maka mulai dilakukan pengembangan pelayanan kesehatan meliputi pelayanan rawat jalan dokter umum, dokter spesialis, dokter gigi serta pelayanan gawat darurat yang beroperasi dari jam 08.00 sampai dengan jam 20.00.

Sejak bulan Mei 2014 RS Universitas Riau telah mulai beroperasi dengan dikeluarkannya Izin Operasional Sementara dari Dinas Kesehatan Kota Pekanbaru. RS Universitas Riau yang direncanakan menjadi rumah sakit pendidikan untuk Fakultas Kedokteran saat ini masih memerlukan banyak pembenahan diantaranya fisik bangunan yang baru sekitar 10% dan membutuhkan perbaikan di beberapa bagian, peralatan yang belum memadai, sistem kerja yang belum terbangun dan tenaga medis khususnya dokter spesialis dan paramedic yang masih belum cukup.

Seiring dengan beroperasionalnya RS Universitas Riau, kekurangan-kekurangan yang tersebut di atas tadi mulai dibenahi. Di sepanjang sisa tahun 2014, telah dilakukan perbaikan gedung, perekrutan dokter spesialis dan tenaga medis lainnya, penataan sistem kerja, pembukaan poliklinik spesialis, pembukaan instalasi gawat darurat dan instalasi rawat inap serta telah mulai berjalan proses pendidikan dengan adanya praktek kerja lapangan mahasiswa serta seminar dan workshop yang diadakan oleh RS Universitas Riau.

Barulah pada tahun 2015 RS Universitas Riau akan menyelesaikan izin operasional tetap untuk RSU kelas D. Hal ini dikarenakan RS Universitas Riau belum memiliki sarana dan prasarana yang cukup untuk menjadi RSU kelas C atau di atasnya. Untuk itu, diharapkan dukungan dari semua pihak untuk pengembangan RS Universitas Riau di tahun-tahun yang akan datang.
Rumah Sakit Universitas Riau bertujuan untuk pendidikan ilmu-ilmu kesehatan. Oleh karena itu pelaksanaan pendidikan tersebut terintegrasi dalam satu kesatuan di universitas dan pendidikan dokter merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari proses pendidikan tersebut. Rumah Sakit Universitas Riau merupakan suatu wadah dan termasuk satu diantara perangkat di dalam universitas dibawah kendali Rektor. Hal ini menyangkut integrasi dari ilmu-ilmu yang berhubungan erat seperti: keperawatan, kesehatan masyarakat, gigi, farmasi, gizi, psikologi, forensik serta lainnya. Rumah Sakit Universitas Riau di desain dari awal sebagai RS yang mendukung pendidikan kedokteran, pendidikan kesehatan lainnya dan pendidikan non kesehatan. Sejak awal dibangun dengan memenuhi persyaratan menjadi rumah sakit pendidikan. Hubungan Rumah Sakit Universitas Riau dengan Rumah Sakit Umum Daerah Arifin Achmad merupakan Rumah Sakit Pendidikan yang mendukung pendidikan mahasiswa kedokteran dan kesehatan.